Выражение связано с противостоянием православия с бытующими в народном сознании языческими традициями. Несмотря на то что Русь крестили еще в 988 году, пережитки языческих обрядов у славян сохранились, например гулянья на Масленицу или праздник Ивана Купалы. Некоторые вещи было не искоренить, но формировать негативное отношение к язычеству христианство пыталось.
Фразеологизм «после дождичка в четверг» отсылает к культу бога грома и молнии Перуна – славянского «коллеги» греческого Зевса, скандинавского Тора, римского Юпитера, кельтского Тараниса. Четверг – четвертый день недели – у этих народов традиционно посвящали богу-громовержцу. Считалось, что если он услышал молитвы изнывающих от засухи, то посылал в четверг на землю дождь.
На практике такое «расписание», конечно же, соблюдалось не всегда. Поэтому в христианстве выражение «после дождичка в четверг» означало «ты не дождешься, когда Перун внемлет твоим мольбам»: фраза выражала полное недоверие к язычеству.